他们把这套平衡计分卡战略管理体系分为有序进行、循环往复的六个阶段：制定战略、规划战略、组织协同、规划运营、监控与学习、检验与调整。
第二阶段是管理人员运用战略地图和平衡计分卡工具，对第一阶段形成的战略进行具体规划，制定战略目标、衡量指标、目标值、行动方案和预算，以此指导行动和资源配置。
在组织协同阶段，经理们将战略地图和平衡计分卡分解到组织的所有单元，以使所有单元围绕战略协同一致。然后，通过一个正式的沟通流程将员工的个人目标和激励与公司的战略目标联系起来，以使所有员工围绕战略而工作。
当组织内所有部门和员工都围绕战略整合之后，就进入了第四阶段。经理们运用各种工具来规划运营，比如质量和流程管理、流程再造、滚动预测、作业成本法、资源能力规划以及动态预算等。
当战略已确定、规划好并与综合的运营计划相链接后，企业就开始执行其战略和运营计划，启动监控与学习阶段，监控绩效结果，召开运营回顾会和战略回顾会，针对新的信息和经验采取行动改善运营、调整战略。
卡普兰教授和诺顿博士表示：“将运营回顾会议和战略回顾会议分开，能够使企业避免因短期运营和策略性问题的讨论而冲淡战略性问题的讨论。”
在最后一个阶段，经理们用组织内部的运营数据和新的外部环境、竞争数据来检验并更新战略，启动另一轮一体化的战略规划和运营执行体系的循环。
平衡计分卡战略管理体系的核心，是“链接战略与运营”。正是在这个核心之处，战略获得了执行。卡普兰教授和诺顿博士也因此常常把这个体系称为战略执行管理体系。
卡普兰教授和诺顿博士表示：“一个组织只有把它的战略与治理流程及运营管理流程相链接，才能保证持续性地发展。战略一定要与运营相链接。”
在他们看来，有两个流程能够帮助企业实现战略与运营的链接，一个是“改进关键流程”，它解决的是“哪些业务流程的变革是战略所必需”的问题，旨在确保将战略主题所需的变革转化成运营流程的变革；另一个是“制定资源能力计划”，它要回答“我们怎样将战略与运营计划及预算相链接”的问题，确保资源能力、运营计划和预算体现战略的方向和需求。
平衡计分卡方法论被引进中国企业所遭遇的第一个挑战，是不少人认为中国企业的管理基础相当薄弱，还不具备引进此套管理体系的条件。这与其说是管理基础上的挑战，不如说是管理者观念上的挑战。
如果从相反的角度看，管理基础差不正是实施平衡计分卡战略管理体系的绝佳机会吗？引进一套符合根本商业逻辑且已在全球被证明行之有效的管理体系，企业的管理基础不就能够得到提升吗？关键是看企业的领导者有没有意愿和决心这样做。